由于湿巾的防腐防霉难度大，以往国内不少湿巾生产企业均曾发生过由于湿巾微生物严重超标、发臭霉变而造成大量损失的情况。为了防止湿巾上微生物的繁殖，许多企业都采用在配制液里添加防腐剂的方式以确保产品在保质期内符合国家卫生标准。
但是，由于我国目前对湿巾添加的防腐剂并未作种类和限用量的规定，一些企业为了保证湿巾微生物指标符合要求，往往任意使用各种防腐剂或加大防腐剂浓度，这样微生物指标虽然得到了控制，但隐藏在深处的危害却极大地威胁着消费者的健康，尤其是一些毒性大、对皮肤刺激强的防腐剂常会造成使用者脸部皮肤过敏或其它不适。比如不少企业所使用的防腐剂戊二醛，作为一种高效消毒剂，2%的戊二醛浓度就能达到灭菌效果，但戊二醛对皮肤粘膜有较强的刺激性，它能透过皮肤被人体吸收，长期接触可致癌。在化妆品和皮肤粘膜消毒剂中，国家明确规定戊二醛的浓度不得超过O. 1%，而且在化妆品中戊二醛浓度超过O. 05%时，必须在标签上标注含戊二醛，但调查发现，不少湿巾生产企业在产品中添加的戊二醛远远不止O. 1%。在日常行为中，一般人用了湿巾后大都不会再洗手，所以防腐剂等化学成分会残留在脸上、手上。如果使用含戊二醛较多的湿巾擦脸，轻则引起皮肤过敏和接触性皮炎，若直接接触到眼睛，甚至会导致眼角膜和视力受损的严重后果。
除过戊二醛，目前湿巾制造厂商所使用的防腐体系还有卡松(卡松、Kathon)，这种防腐剂的杀菌广谱，对细菌、霉菌都具有杀菌效果，但缺点是该产品对细菌芽孢无能为力，对假单胞菌的杀灭效果差，稳定性也不好，对皮肤刺激性强，单独使用很容易造成防腐失败。·
另外，国内还有一部分湿巾制造厂商使用了双胍类、季胺盐类防腐剂。严格意义上讲，阳离子属于杀菌剂随杀菌快速但没有持久的防腐功能，单独使用于化纤类湿巾尚可短时间保存，而对于棉或含棉湿巾却起不到应有的防腐作用。
